In Abhängigkeit von den Bodenverhältnissen ist manchmal ein Auftreten von Blattvergilbungen festzustellen, wobei die Blattadern noch grün ist. Es handelt sich dabei um einen Magnesiummangel, der durch einen niedrigen pH-Wert gefördert wird. Zur schnellen Beseitigung ist COMPO Pflanzen-Vital geeignet.

Im Freiland tritt sehr häufig die Kraut- und Braunfäule an Tomaten auf. Diese Pilzkrankheit tritt dann häufig auf, wenn die Blätter längere Zeit nass waren. Die Krankheit zeigt anfangs graugrüne Flecken auf der Blattoberseite, die später braun werden. Die Früchte weisen braune, eingesunkene Stellen auf, wobei das darunterliegende Fruchtfleisch verhärtet ist. Da dieser Erreger auch auf Kartoffeln zu finden ist, sollte Tomaten nicht in unmittelbarer Nachbarschaft zu diesen gepflanzt werden. Auch Hygienemaßnahmen sind hilfreich: vor der Pflanzung sollten die Pflanzstäbe gereinigt werden, Gewächshäuser sollten vor der Saison entsprechend gereinigt werden. Resistente Sorten anbauern. Gegebenenfalls Spritzungen mit COMPO Ortiva® Spezial Pilz-frei durchführen.

Beim Anbau von Tomaten unter Glas sind manchmal kleine, weiss bepuderte Insekten festzustellen, die bei Berührung der Pflanzen auffliegen. Auf den Blättern ist ein klebriger Belag zu finden, der nach und nach schwarz wird ("Rußtau"). Diese Schädlinge werden als "Weiße Fliege" bezeichnet.

An der Blattunterseite sitzen kleine grüne Insekten mit langen Fühlern. Bei starkem Befall sind Triebspitzen und Blätter zum Teil deformiert. Auch hier tritt auf der Blattoberseite durch die Saugtätigkeit der Tiere ein klebriger Belag auf. Diese Insekten, die Blattläuse, schädigen nicht allein durch das Besaugen der Pflanzen, sondern auch durch die Übertragung von Viren. Viruskrankheiten an Tomaten sind z.B. das Tomatenmosaikvirus oder die Bronzefleckenkrankheit der Tomate.